دار الإفتاء المصرية لها منهج محدد لاعتماد الفتوى، ويتمثل هذا المنهج فيما يلي:
1- نقل المذاهب السنية الأربعة المعروفة المشهورة (الحنفية والمالكية والشافعية والحنابلة) مع الاستفادة من المذاهب الأخرى، والاستئناس بها، بل وترجيحها أحيانًا لحاجة الناس، أو لتحقيق مقاصد الشرع، وهي تلك المذاهب التي يتبعها بعض المسلمين في العالم أصولًا وفروعًا، وهي: (الجعفرية والزيدية والإباضية) بل والظاهرية التي يؤيدها مجموعة من العلماء هنا وهناك.
2- اتساع دائرة الاستفادة في الاختيارات الفقهية لتشمل مذاهب المجتهدين العظام كالأوزاعي والطبري والليث بن سعد، وغيرهم في أكثر من ثمانين مجتهدًا في التاريخ الإسلامي، من حيث الاستئناس بآرائهم، وترجيحها في بعض المسائل؛ لقوة الدليل أو لشدة الحاجة إليها أو لمصلحة الناس أو لتحقيق مقاصد الشرع الشريف، وهو المنهج الذي ارتضته الجماعة العلمية في عصرنا هذا شرقًا وغربًا وعند العقلاء من جميع مذاهب المسلمين.
3- اللجوء أحيانًا إلى استنباط الأحكام من النصوص الشرعية بالكتاب والسنة مباشرة؛ فإن نصوص الشرع أوسع من كل ذلك، فهي أوسع من المذاهب الثمانية، ومن الثمانين مجتهدًا، وشرط ذلك أن تكون النصوص محتملة هذا الاستنباط بالضوابط المعتبرة التي وضعها الأصوليون في ذلك.
4- الالتزام بما سبق وصدر عن الدار من اختيارات للفتوى باعتبارها مؤسسة، بحيث لا يحصل أي تعارض بين السابق والحالي إلا ما كان من جهة مراعاة تغير الجهات الأربعة (الزمان-المكان-الأحوال-الأشخاص) التي تستلزم التغيير في الفتوى.
5- مراعاة ما عليه قوانين البلاد المصرية حتى لا تتعارض فتوى المفتي مع قضاء القاضي.
6- الالتزام بأنه لا فتوى في أي مسألة أو موضوع يكون محل نظر في القضاء.
7- الالتزام بشرط السماع المباشر من الزوج في مسائل الطلاق.
8- الالتزام بعدم السماع إلا من ذي صفة في المسائل محل الفتوى المتعلقة بالمواريث.
9- المحافظة على السلم الاجتماعي واستقرار المجتمعات بمخاطبة الناس بما يعرفون.
10- مراعاة الوسطية في الفتوى من خلال الفهم الصحيح لهذا الدين الخاتم وأدلته من غير إفراط ولا تفريط، فلا ننحو نحو التشدد ولا إلى التفلت.