نعم يجوز شرعًا الصلاة على الميت في المسجد، ويُصَلَّى على الجنازة أولًا بعد الصلاة المفروضة ثم تصلى السنة.

يلزم في الميت أربعة أشياء وجوبًا لِحَقِّه على غيره، هي: غسله، وتكفينه، والصلاة عليه، ودفنه.
أما الصلاة على الميت فهي فرض على الكفاية، ويشترط لصحتها ما يشترط في بقية الصلوات المفروضة وغيرها من طهارة البدن والثوب والمكان، وستر العورة، واستقبال القبلة، والقيام عند القدرة.
وتجوز الصلاة على الميت في المسجد وفي غيره من كل مكان طاهر لم يرد النهي عن الصلاة فيه، فقد ثبت أن النبي صلى الله عليه وآله وسلم صلى الجنازة في المسجد، وفي المصلى، وهو مكان في الصحراء تُصَلَّى فيه صلاة العيدين؛ روى مسلم وأبو داود والترمذي وغيرهم عن عباد بن عبد الله بن الزبير عن عائشة رضي الله عنها قالت: "لما توفي سعد وأتي بجنازته أمرت به عائشة أن يمر به عليها، فشق به في المسجد، فدعت له، فأنكر ذلك عليها، فقالت: ما أسرع الناس إلى القول، ما صلى رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم على ابن بيضاء إلا في المسجد"، وأخرج ابن أبي شيبة وسعيد بن منصور عن ابن عمر رضي الله عنهما: أن عمر رضي الله عنه صُلِّي عليه في المسجد، وصلى عليه صهيب.
ومن ذهب من الفقهاء إلى أن صلاة الجنازة تكون في المصلى لا في المسجد فقد اتبع ظاهر النصوص، ولكن الشافعية عللوا صلاة النبي صلى الله عليه وآله وسلم للجنازة في المصلى لا المسجد بكون المسجد كان لا يسع المصلين للجنازات، وعليه استحبوا الصلاة في المسجد لفضيلة المكان حيث اتسع المسجد للمصلين على الجنائز.
وعلى ما سبق: فإن صلاة الجنازة داخل المسجد جائزةٌ شرعًا، وإذا دخل الميت المسجد بعد أداء الصلاة المفروضة فتصلى صلاة الجنازة أولا؛ لأن تعجيل الدفن واجب، وفي الحديث عن أبي هريرة رضي الله عنه عن النبي صلى الله عليه وآله وسلم قال: «أسرعوا بالجنازة؛ فإن تَكُ صالحةً فَخَيْرٌ تقدمونها إليه، وإن يَكُ سِوَى ذلك فَشَرٌّ تَضَعُونَهُ عن رقابكم» رواه أصحاب الكتب الستة، والإسراع بشؤون الميت كلها مطلوب، ومن شاء أن يحضر الجنازة ويصلي عليها مع الجماعة فعل، ومن شاء صلى السنة وحده مع إقامة صلاة الجنازة في المسجد، ومن شاء خرج أو جلس في المسجد؛ لأن الصلاة في المسجد فرض كفاية، ولا تعطل الصلاة على الجنازة من أجل صلاة السنة؛ حيث إنه لا تعارض بينهما أصلا.
والله سبحانه وتعالى أعلم.